Obwohl Ghost of Yotei, ähnlich wie Sucker Punchs Vorgänger Ghost of Tsushima, die Freiheit einer offenen Welt bietet, folgt es dennoch einer eher linearen Erzählstruktur.
Der kreative Leiter Jason Connell enthüllt dies in einem kürzlichen Interview und erklärt, dass Ghost of Yotei den Spielern nicht erlaubt, die Reihenfolge zu wählen, in der sie die Yotei Six – die mörderischen Schurken, die für den Tod von Protagonist Atsus Familie verantwortlich sind – töten. Stattdessen führt das Spiel die Spieler auf einem eher linearen Pfad, während sie Rache an den Mördern nehmen, da die Entwickler von Sucker Punch «wirklich an die Struktur der Geschichte glauben.»
Wie Connell sagt: «Es ist uns sehr wichtig, großartige Charaktere mit guten Handlungsbögen zu entwickeln, die einen Anfang, eine Mitte und ein Ende haben.» Ghost of Yotei bildet da keine Ausnahme. «Es gibt einen Bogen mit einer Struktur. Aber gleichzeitig wollten wir einen Aspekt von Ghost of Tsushima nicht nur beibehalten, sondern noch besser umsetzen, nämlich das Gefühl der Neugier und der Freiheit der Erkundung, das das Spiel vermittelt.»
Deshalb ist es für Sucker Punch entscheidend, ein Gleichgewicht zwischen einer soliden linearen Geschichte und der Freiheit für die Fans, die Welt zu erkunden, zu finden. Connell beschreibt es als ein «zartes Dilemma», bei dem die Entwickler möchten, dass die Spieler der Geschichte folgen, ohne das Gefühl zu haben, dass sie «ständig auf den goldenen Pfad gezwungen werden.» Es scheint, als ob es dem Team gelungen ist, dies in Ghost of Yotei umzusetzen – aber ja, «es gibt dort eine Struktur.»
Laut Connell ist dies auch «eine sehr wichtige Struktur.» Es gibt am Anfang des Spiels etwas Raum, um zu entscheiden, welchen Weg man mit den Yotei Six einschlagen möchte, mit «einigen Optionen, die einen zu interessanten Gebieten führen könnten.» Zum Beispiel, wenn man sich für Ninjas oder verschneite Landschaften interessiert, «könnte diese Geschichte hier interessanter für einen sein.» Andererseits kann man sich als Fan von Burgen und Feuerwaffen für ein anderes Gebiet entscheiden.
Hervorzuheben ist, dass «man zwischen diesen beiden großen Gebieten hin- und herwechseln kann.» Dies lässt sich erreichen, ohne dass Sucker Punch das Gesamtlayout der Geschichte kompromittieren muss. Wie Connell abschließend sagt: «Es gibt dort etwas mehr Auswahl, aber es gibt immer noch eine lineare Erzählstruktur, an die wir wirklich glauben, um sicherzustellen, dass Atsus Rachefeldzug an den Herzen zerrt. Das ist das ultimative Ziel.»